Pranciškoniškasis jaunimas jungiasi į vietines ir nacionalinę brolijas. Nacionalinė brolija yra visų vietinių brolijų visuma. Jai vadovauja dvejiems metams renkama Nacionalinė taryba.
Šiuo metu Lietuvos Jaupra brolijos Nacionalinės tarybos įgaliojimai sustabdyti. Lietuvos pranciškoniškojo jaunimo brolijos prezidentės ir tarptautinės delegatės pareigas vykdo Julija Mironovaitė.
Nacionalinė taryba (2021-2023 m. kadencija):
Nacionalinė prezidentė – Julija Mironovaitė
Nacionalinė viceprezidentė – Gabrielė Repšytė
Nacionalinė atsakingoji už ugdymą – Paulina Šalkauskaitė
Nacionalinė sekretorė – Kamilė Klapatauskaitė
Nacionalinis iždininkas – Justinas Mačėnas
Atsakingoji už Pranciškučius – Emilija Kuprelytė
Tarptautinis delegatas – Lukas Bieliauskas
Broliška vadovė – Ilona Keruckienė OFS
Dvasinis asistentas br. Carlo Bertagnin OFM
Nacionalinė taryba (2019-2021 m. kadencija):
Nacionalinė prezidentė – Karolina Sutkutė
Nacionalinė viceprezidentė – Lina Panceraitė
Nacionalinė atsakingoji už ugdymą – Ieva Gaudėšiūtė
Nacionalinė sekretorė – Emilija Kuprelytė
Nacionalinė iždininkė ir tarptautinė delegatė – Giedrė Povilaitytė
Atsakingasis už Pranciškučius – Lukas Bieliauskas
Broliška vadovė – Ilona Keruckienė OFS
Dvasinis asistentas – br. Carlo Bertagnin OFM
Nacionalinė taryba (2017-2019 m. kadencija):
Prezidentė – Karolina Sutkutė
Viceprezidentas – Simonas Baliukonis
Atsakingoji už ugdymą – Emilija Rimaitė
Sekretorė – Ingrida Biveinytė
Iždininkė – Giedrė Povilaitytė
Tarptautinė delegatė – Bernadeta Kaminskaitė
Atsakingoji už Pranciškučius – Paulina Šalkauskaitė
Broliška vadovė – Ilona Keruckienė OFS
Dvasinis asistentas – br. kun. Antanas Blužas OFM (iki 2019 m. kovo mėn.)
Dvasinis asistentas – br. Carlo Bertagini OFM (nuo 2019 m. kovo mėn.)
Nacionalinė taryba (2015-2017 m. kadencija):
Prezidentas – Rokas Žeimys
Viceprezidentas – Rapolas Žeimys
Atsakingoji už ugdymą – Vitalija Stanislauskaitė
Sekretorė – Živilė Aleksandravičiūtė
Iždininkas – Vincas Rimkus
Tarptautinis delegatas – Simonas Baliukonis
Atsakingoji už Pranciškučius – Dovilė Valytė
Broliškas vadovas – Rimantas Radzevičius OFS
Dvasinis asistentas – br. kun. Antanas Blužas OFM
Nacionalinė taryba (2012-2015 m. kadencija):
Prezidentė – Monika Midverytė OFS
Viceprezidentas – Henrikas Dapkus
Atsakingoji už ugdymą – Rasa Lazdauskaitė
Sekretorė – Greta Nekrošiūtė
Iždininkas – Rokas Žeimys
Tarptautinis delegatas – Adomas Kačiušis
Atsakingoji už Pranciškučius – Veronika Šlionskytė
Broliška vadovė – Margarita Lizdenytė OFS (iki 2013-01-19 )
Broliškas vadovas – Aidas Gintaras Adomaitis OFS (nuo 2013-01-19 )
Dvasinis asistentas – br. kun. Algirdas Malakauskis OFM (iki 2013-01-10)
Dvasinis asistentas – br. kun. Antanas Blužas OFM (nuo 2013-01-10 )
Nacionalinė taryba (2009-2012 m. kadencija):
Prezidentė – Virginija Mickutė OFS
Viceprezidentė – Monika Midverytė
Atsakingasis už ugdymą – Paulius Minkevičius
Sekretorė – Inga Ūsaitė
Iždininkas – Stasys Peldžius
Tarptautinis delegatas – Justinas Rakita
Broliška vadovė – Aldona Elena Šeduikienė OFS (iki 2011-05-07)
Broliška vadovė – Margarita Lizdenytė OFS (nuo 2011-05-07)
Dvasinis asistentas – br. kun. Algirdas Malakauskis OFM
Nacionalinė taryba (2006-2009 m. kadencija):
Prezidentė – Virginija Mickutė
Viceprezidentė ir tarptautinė delegatė – Danguolė Kuliavaitė
Atsakingoji už ugdymą – Agnė Pociūtė
Sekretorė – Jolita Aukštuolytė
Iždinininkas – Romanas Sabakonis
Broliška vadovė – Margarita Lizdenytė OFS
Dvasinis asistentas – br. kun. Algirdas Malakauskis OFM